Caratterizzazione funzionale e genetica di nuove isole genomiche da un ceppo di E. coli associato alla meningite neonatale.

I genomi degli organismi della famiglia delle Enterobacteriaceae evolvono attraverso mutazioni, riarrangiamenti, e attraverso il meccanismo del trasferimento orizzontale di geni (HGT). Quest'ultima via evolutiva si esplica attraverso l'acquisizione, da parte del batterio ricevente, di moduli di materiale genetico di provenienti da altri microorganismi. Questi moduli donerebbero un vantaggio evolutivo ripsetto a determinate condizioni ambientali in cui si viene a trovare il batterio. L'analisi bioinformatica del genoma del ceppo di E. coli IHE3034 (isolato da un caso di meningite neonatale) ha ipotizzato la presenza di 18 isole genomiche (GEI) di cui: 8 mai descritte in precedenza e di cui 10 di origine profagica. Nel presente lavoro abbiamo effettuato uno studio della distribuzione di queste isole su 132 ceppi di E. coli rappresentativi di tutti i patotipi. Utilizzando un approccio basato sulla PCR abbiamo scoperto che 9 GEI sono ancora capaci di formare intermedi circolari (CI) e a sequenziare i rispettivi siti di ricombinazione. Inoltre utilizzando la PCR Real Time siamo riusciti a studiare le variazioni nella frequenza di excisione di 5 isole crescendo i batteri in diverse condizioni di crescita. Inoltre sono stati generati mutanti per delezione di 4 Isole specifiche di ceppi appartenenti al gruppo clonale 95 (STC95). I suddetti mutanti sono poi stati testati per la loro abilità di sopravvivenza alla fagocitosi da parte dell'amoeba Dictyostelium discoideum.